El mapa epidemiológico de la covid-19 de Andalucía que permite analizar nuevas variantes

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La Consejería de Salud Pública, a través de la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica, se ha marcado varios objetivos vinculados a la pandemia, entre los que destaca la preparación de un mapa que represente la evolución del coronavirus en Andalucía y que, a la par, sirva para el control de la crisis. La herramienta permite observar gráficamente cómo se ha transmitido la enfermedad por el territorio andaluz desde el inicio de la pandemia, así como las zonas en las que se ha notificado un mayor índice de contagios y la influencia de las medidas sanitarias implementadas, entre otros indicativos.

Además, la secuenciación genómica de las muestras obtenidas de pacientes permitiría, según apunta la Junta, realizar un estudio filogenético de la enfermedad, lo que mostraría las mutaciones que experimenta a lo largo del tiempo, sus características y su vinculación con una mayor virulencia o capacidad de transmisión. Es, según resume el director del Área Bioinformática Clínica, Joaquín Dopazo, «como leer el libro de instrucciones para descifrar su funcionamiento». «Esto permite comparar cada libro de instrucciones y ver semejanzas y diferencias entre ellos, que son luego relacionados con los cuadros clínicos que haya presentado cada paciente del que procede la muestra», agrega.

El proyecto implica a 15 hospitales, institutos, centros de investigación y de atención primaria de toda Andalucía. Una «red multicéntrica y colaborativa» que habría «sentado las bases para la puesta en marcha de un circuito que permite incluir la secuenciación genómica del virus en la práctica clínica por primera vez». «Este proyecto sienta las bases del circuito que hay que realizar para llevar a cabo el proceso de secuenciación que actualmente se realiza en Andalucía», insiste Dopazo.

Para el desarrollo del trabajo, se han establecido dos centros de referencia para la recepción y secuenciación de muestras. Se trata del Hospital Virgen del Rocío de Sevilla, que abarcará la zona occidental de la comunidad -Cádiz, Córdoba, Huelva y Sevilla-, y del Hospital San Cecilio de Granada, que cubrirá la zona oriental -Almería, Granada, Jaén y Málaga-. Otros hospitales y centros de Atención Primaria conforman la cadena que trabaja de forma coordinada con el Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía. El último eslabón es el Área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud, en el que los profesionales analizan los datos obtenidos de la secuenciación, reportan los resultados a los centros de referencia y estos informan al Ministerio de Sanidad de los hallazgos en la comunidad, además de incorporarlos a las herramientas bioinformáticas para su interpretación detallada.

«Con carácter general -prosigue la nota-, tras la valoración oportuna de cada caso por los profesionales de Salud Pública, se realiza la secuenciación de aquellos casos en los que hay sospecha de reinfección; infección con vínculos epidemiológicos con personas o lugares donde se haya detectado una nueva variante más transmisible o virulenta; casos con sospecha de infección por variantes que escapen a la inmunidad; o situaciones en las que se sospecha una alta transmisión o virulencia». De igual forma, se realizará la secuenciación de un número de muestras seleccionadas de forma aleatoria y representativa de los positivos por covid-19 semanales.